南通博物苑是中国地方综合性博物馆。民族实业家张謇于清光绪三十年十二月九日(公元1905年1月14日)创建。是目前保存下来的中国人最早创办的博物馆，位于江苏省南通市。
光绪三十一年十二月九日(公元1906年1月3日)，张謇又将兴建中的公共植物园规划为博物苑，占地23300平方米，后扩大为71800平方米，建立了中馆、南馆、北楼和东楼。苑内有4个陈列馆，陈列自然、历史、美术、教育四部分文物与标本。中馆为三开间中式平房，上部加盖一间二层尖顶小楼。南馆平面凸字形，为一座西式二层楼房。北楼为五开间二层中式楼房。东楼为一座中式楼房。苑内种植树木花草，饲养鸟兽，并有亭榭、假山、荷池等园林建筑。1912年改称南通博物苑。
苑内文物、标本来源于各地人士和寺院捐赠、售予。1914年编印的《南通博物苑品目》，共收录文物、标本2973号，1933年增至3605号，每号一件至数件不等。自然部分有动、植物活体、标本、化石和矿物。动物类有国外的标本，如南洋群岛的时乐鸟，印度的鳄鱼，俄罗斯的斑鼠，美洲的袋鼠、蜂鸟，朝鲜的笔贝，新加坡的石蚕等标本；植物类中有羊齿植物化石、各种果木和药用植物；矿物类有1910年清末官商合办的博览会南洋劝业会结束后捐赠的各省矿石标本。
历史部分有金、玉石、陶瓷、拓本、 土木、车器、 画像、卜筮、军器、刑具、狱具等展品；美术部分有书画、雕刻、漆塑、织绣、缂丝、编物、文具等类，其中露香园的《昼锦堂记》字绣长屏12幅、沈寿绣《耶稣》像为美术精品；教育部分有科举、私塾、学校3类，有科举时代的考卷、夹带、窗课，有学校教学用的教具、模型。
1938年3月17日，侵华日军占领南通，苑藏文物、标本大部遭劫掠、破坏或散失。1945年9月至1949年1月国民党统治时期，博物苑继续遭到破坏。中华人民共和国成立后，人民政府着手修复博物苑。1951年改名南通博物馆，原有建筑和园林布局基本保持原貌，1981年南通市人民政府决定将附近的张謇故居濠南别业划归博物苑范围，1982年被定为江苏省文物保护单位，1984年7月1日恢复南通博物苑原名。1988年被定为全国重点文物保护单位。
至1989年底，馆藏品有40115件，其中自然标本6126件，一级文物55件。藏品具有地方特色，如海安青墩新石器时代遗址出土的石器、陶器、玉器和骨角器，以及汉代的煎盐工具盘铁、1973年南通市出土的晚唐(公元827～907年)青瓷皮囊式壶 (越州窑仿北方游牧民族革囊水壶形制烧造)。“陈若虚记”瓷乳缽，是明万历间(1573～1620年) 南通名医陈实功 (号若虚) 特制研药用具。书画、刺绣等艺术品中，有扬州八家的李方膺(南通人)的画和近代刺绣家沈寿的绣品。革命文物中有抗日战争时期反清乡斗争的文献、手稿、武器和烈士遗物。博物苑陈列面积450平方米，分历史文物、革命文物、自然标本3个基本陈列。
历史文物陈列的展品，上自原始社会，下至清末，其中有博物苑早期的藏品，如战国的錞于、汉代的铜鼓、宋代龙泉窑青瓷炉、元代磁州窑白地黑花瓷枕、明代墓葬中出土的棉布；近代文物中，有张謇的手迹、文献及其创办大生纱厂、盐垦以及文化教育事业方面的实物和历史图片；历史文物陈列的最后部分是辛亥革命烈士、曾任北方革命军参谋长的白雅雨(南通人，李大钊的老师)的事迹；革命文物反映了从1919年五四运动到一二·九运动、抗日战争、解放战争各个历史时期，南通人民的革命斗争历程。文物中有1922年入党的中国共产党党员吴亚鲁创办的《平民声》报，有土地革命时期的共产党党旗，反清乡斗争的历史文献、证件和武器等。自然标本陈列品中，有须鲸亚化石和现代鲸骨骼以及启东陨石、本地珍稀鸟类和昆虫标本。
历年来，博物苑举办了多种临时展览，如“革命烈士事迹” 陈列、“反清乡斗争文物”、“民俗品物”、“爱鸟护鸟”等。
五十年代以来，经陆续增建盆景展览室、临河茶楼、河心亭、濠上曲桥及儿童游乐设施等，如今的南通博物苑，既是地方综合性博物馆，又是颇具特色的文化公园。馆内陈列的文物中，以海安县青墩出土的大量新石器时代遗物，最为世人瞩目。其中的青墩“麋鹿角”，或可据此探寻“八卦”起源。
博物苑南馆、中馆均陈列历史文物，楼下挂有张先生巨幅照片。南馆陈列的历史文物，以地方性为主，亦有建苑初期文物之幸存者。南馆外面，陈列大型文物。重建的古象亭中，有明代铜铸的天后（即妈祖）和玉皇像，还有明墓出土的整石雕成的石椁。建苑初期的石人（翁仲）石马，虽遭破坏，但仍存有。西馆陈列自然标本。最令人注目的是长达十米的须鲸骨架。只是现在陈列的这一具，是七十年代在东台县琼港海滨所采集制作，而当年吕四出土的原鲸骨架真品，已于日军占领期遭毁。
